Procurando uma ferramenta melhor tempos atrás, encontrei esse post do Erick Sasse onde ele recomendava a ferramenta DiffMerge que é gratuita e funciona no Windows, Mac OS X e Linux.
Um dos diferenciais do DiffMerge é o suporte a merge de 3 arquivos, ou seja, quando mais de um desenvolvedor altera um arquivo ele considera o arquivo base e as duas versões alteradas.
Para configurar ele é bastante simples. Acesse a tela de configuração do TortoiseSVN (Botão direito do mouse -> TortoiseSVN ->Settings) e modifique as configuraçães conforme o exemplo abaixo.
External Programs Diff Viewer - External C:\Program Files\SourceGear\DiffMerge\DiffMerge.exe /t1=%bname /t2=%yname %base %mine
External Programs Merge Tool - External C:\Program Files\SourceGear\DiffMerge\DiffMerge.exe /m /r=%merged /t1=%yname /t2=%bname /t3=%tname /c=%mname %mine %base %theirs
Por hoje era isso, se alguém quiser sugerir outras ferramentas similares deixe um comentário.
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